A 4ª Vara Federal de Sergipe foi criada pela Lei nº. 9.788, 19/02/1999, art. 1º, V, implantada pela Resolução TRF-5ª Região nº. 02, de 14/04/1999, art. 1º, inc. VI, (Publicada no DJU (II) em 22/04/1999); (Republicada em 04/05/1999) e pelo Ato TRF-5ª Região nº. 128, de 11/05/1999, (Pub. DJU (II) em 18/05/1999). A primeira titularidade foi exercida pelo Juiz Federal Edmilson da Silva Pimenta.
A partir de 30/06/2004, assumiu a titularidade da 4ª Vara, a juíza Telma Maria Santos Machado, permanecendo até o dia 23/10/2007.
Na citada Vara, os seguintes magistrados também já exerceram a jurisdição em período permanente, isto é, sem que o fosse por mera substituição e/ou designação para responder pela titularidade, nessa ordem cronológica: Juiz Edmilson da Silva Pimenta; Juíza Telma Maria Santos Machado; Juíza Danielle Souza de Andrade e Silva; e Juiz Carlos Wagner Dias Ferreira.
Em dezembro de 2007 o juiz federal Arthur Napoleão Teixeira Filho teve a sua remoção aprovada para a 4ª. Vara da Seção Judiciária de Sergipe, na sessão plenária do Tribunal Regional Federal da 5a. Região, tomando posse no mês de janeiro do ano subseqüente.