A 3ª Vara Federal de Sergipe foi criada pela Lei nº. 7.583, de 06/01/1987, art. 1º, implantada pelo Provimento CJF nº. 347, de 03/11/1987, tendo sido instalada em novembro de 1987 pelo Juiz Federal Vladimir Souza Carvalho.
Na citada Vara, os seguintes magistrados já exerceram a jurisdição em período permanente, isto é, sem que o fosse por mera substituição e/ou designação para responder pela titularidade, nessa ordem cronológica: Juiz Vladimir Souza Carvalho; Juiz Carlos Rebêlo Júnior; Juíza Telma Maria Santos Machado; Juíza Marla Consuelo Santos Marinho; e Juiz Mário Azevedo Jambo.
Atualmente, a 3ª Vara tem como titular o Juiz Edmilson da Silva Pimenta - desde 16/02/2004.