A 6ª Vara Federal de Sergipe foi criada pela Lei nº. 10.772, de 21/11/2003, art. 1º, Inciso V, implantada pela Resolução TRF-5ª Região nº. 01, de 18/02/2004, tendo sido instalada pelo Juiz Federal Vladimir Souza Carvalho.
Na citada Vara, os seguintes magistrados já exerceram a jurisdição em período permanente, isto é, sem que o fosse por mera substituição e/ou designação para responder pela titularidade, nessa ordem cronológica: Juiz Jorge André de Carvalho Mendonça; Juiz José Maximiliano Machado Cavalcanti; Juiz Mário Azevedo Jambo; Juiz Fernando Escrivani Stefaniu.