A 2ª Vara Federal da Seção Judiciária de Sergipe foi criada pelo dispositivo do art. 1º, parágrafo único, da Lei n. 7.178, de 19/12/1983, tendo sido implantada pelo Provimento CJF n. 269, de 14/11/1984 (publicado no DOU de 19/11/1984). A sua instalação se deu em dezembro de 1984 pelo Juiz Federal Antônio Ezequiel da Silva.
Na citada Vara, os seguintes magistrados já exerceram a jurisdição em período permanente, isto é, sem que o fosse para mera substituição e/ou designação para responder pela titularidade:
Juízes Federais Titulares: Antônio Ezequiel da Silva (promovido ao cargo de desembargador federal do TRF-1); Vladimir Souza Carvalho (promovido ao cargo de desembargador federal do TRF-5).
Juízes Federais Substitutos: Dirley da Cunha Júnior (removido para a Justiça Federal da 1ª Região); Ronivon de Aragão (promovido ao cargo de juiz titular da 7ª Vara Federal/SJSE); Fernando Escrivani Stefaniu (promovido ao cargo de juiz titular da 7ª Vara Federal/SJSE); Laura Lima Miranda e Silva (removida para a Justiça Federal da 1ª Região).
Atualmente, a jurisdição da 2ª Vara é exercida da seguinte forma:
Juiz Federal Titular Ronivon de Aragão, que retornou a essa unidade jurisdicional, por remoção, com exercício na condição de titular desde 02/04/2008.