A 5ª Vara Federal de Sergipe foi criada pela Lei n. 10.772, de 21/11/2003, art. 1º, inc. V, implantada pela Resolução TRF-5ª Região n. 14, de 3/12/2003, art. 2º, inc. VI, (Publicada no DJU (II) de 15/12/2003), tendo sido instalada pelo Juiz Federal Carlos Rebêlo Júnior.
Na citada Vara, os seguintes magistrados já exerceram a jurisdição em período permanente, isto é, sem que o fosse por mera substituição e/ou designação para responder pela titularidade, nessa ordem cronológica: Juíza Marla Consuelo Santos Marinho; Juíza Lidiane Vieira Bomfim Pinheiro de Meneses; Juiz Jorge André de Carvalho Mendonça; Juiz Alexandre Henry Alves; Juiz Érico Antonini; Juiz Marcos Antônio Garapa de Carvalho; e a Juíza Priscilla Galdini de Andrade.
O Juiz Federal Carlos Rebêlo Júnior exerceu a titularidade da 5ª Vara, desde 18/12/2003, até ser promovido ao cargo de Desembargador Federal do TRF5, em 2015.
Atualmente, a 5ª Vara tem como titular a Juíza Federal Lidiane Vieira Bomfim Pinheiro de Meneses.