A 1ª Vara Federal de Sergipe foi criada pela Lei nº. 7.178, de 19/12/1983, art. 1º, parágrafo único, implantada pelo Provimento CJF nº. 269, de 14/11/1984. (Publicado no DJU, de 19/11/1984), tendo sido instalada em dezembro de 1984 pelo Juiz Federal José de Castro Meira.
Durante o período em que a 1ª Vara correspondia à Vara Única da Seção Judiciária de Sergipe – antes da citada Lei nº. 7.178/83 –, já exerceram a jurisdição em período permanente, isto é, sem que o fosse por mera substituição e/ou designação para responder pela titularidade, os seguintes magistrados, nessa ordem cronológica: Juiz Geraldo Barreto Sobral; Juiz Joviniano Caldas Magalhães; Juiz Hércules Quasímodo da Mota Dias; Juíza Eliana Calmon Alves; e Juiz José de Castro Meira.
Já com a denominação de 1ª Vara da Seção, foram os seguintes magistrados: Juiz José de Castro Meira; Juiz Ricardo César Mandarino Barretto; Juiz Edmilson da Silva Pimenta; Juiz Almiro José da Rocha Lemos; Juiz Júlio Rodrigues Coelho Neto; e Juíza Lidiane Vieira Bomfim Pinheiro de Meneses.
Em 1º de novembro de 2007, assumiu a titularidade da 1ª Vara a Juíza Telma Maria Santos Machado. Em 02 de abril de 2008, foi removido o Juiz Fábio Cordeiro de Lima para atuar como Juiz Substituto da 1ª Vara, sendo, posteriormente, removido para a Turma Recursal/SE.