A 5ª Vara Federal de Sergipe foi criada pela Lei nº. 10.772, de 21/11/2003, art. 1º, Inciso V, implantada pela  Resolução TRF-5ª Região nº. 14, de 03/12/2003, art. 2º, Inciso VI, (Publicada no DJU (II) de 15/12/2003), tendo sido instalada pelo Juiz Federal Carlos Rebêlo Júnior.

Na citada Vara, os seguintes magistrados já exerceram a jurisdição em período permanente, isto é, sem que o fosse por mera substituição e/ou designação para responder pela titularidade, nessa ordem cronológica: Juíza Marla Consuelo Santos Marinho; Juíza Lidiane Vieira Bomfim Pinheiro de Meneses; Juiz Jorge André de Carvalho Mendonça.

Atualmente, a 5ª Vara tem como titular o Juiz Carlos Rebêlo Júnior, desde 18/12/2003, e como substituto o juiz  Érico Antonini.