A Escola de Magistratura Federal da 5ª Região - ESMAFE5 foi criada em outubro de 1999 e instalada em 24 de novembro do mesmo ano, no Edifício Anexo I, do TRF/5ª Região. Criada na gestão do desembargador federal José Maria de Oliveira Lucena, a ESMAFE5 nasceu com o objetivo de aprimorar e ampliar os conhecimentos técnicos daqueles que fazem a Justiça Federal nos seis Estados que compõem a 5ª Região.
Em parceria com universidades e outras instituições, a ESMAFE5 realiza, mensalmente, diversos cursos, beneficiando magistrados, servidores e profissionais da área do Direito e da justiça em geral, promovendo maior interação e qualificação de quem atua na 5ª Região.
O Diretor da Escola da Magistratura Federal da 5ª Região, ESMAFE5, é eleito dentre os Membros do Tribunal, efetivos ou substitutos, por um período de 2 (dois) anos.
O diretor da Esmafe de cada Seção Judiciária é eleito na mesma sessão do Pleno do Tribunal Regional Federal, que elege os demais membros da mesa diretora (presidente, vice-presidente e corregedor-geral), com mandatos coincidentes e simultâneos.
O Núcleo de Sergipe da Escola de Magistratura Federal da 5ª Região (ESMAFE5/SE) foi inaugurado no dia 04 de dezembro de 2003, sendo o primeiro dos núcleos da ESMAFE5 a ser instalado na 5ª Região da Justiça Federal, a qual abrange os Estados de Sergipe, Alagoas, Pernambuco, Paraíba, Rio Grande do Norte e Ceará.
A solenidade de inauguração contou com as presenças do diretor da ESMAFE5, em Recife, desembargador federal Luiz Alberto Gurgel de Faria, do diretor do foro da Seção Judiciária de Sergipe, juiz federal Carlos Rebêlo Júnior, da diretora da Escola da Magistratura de Sergipe (ESMESE), desembargadora Clara Leite de Rezende, do reitor da Universidade Federal de Sergipe, Professor Doutor José Fernandes de Lima, do reitor da Universidade Tiradentes, Professor Jouberto Uchoa de Mendonça, dos juízes federais Vladimir Souza Carvalho, Ricardo César Mandarino Barretto, Edmilson da Silva Pimenta, Ronivon de Aragão, Júlio Rodrigues Coelho Neto e Carlos Wagner Dias Ferreira, entre outras autoridades e servidores da Justiça Federal em Sergipe.
O primeiro diretor da ESMAFE5/SE foi o juiz federal Edmilson da Silva Pimenta.
A ESMAFE5/SE tem as seguintes finalidades: formação, atualização e especialização continuada ou eventual de magistrados e servidores da Justiça Federal e demais interessados, tais como estudantes de Direito, servidores públicos do Judiciário local e de outros órgãos públicos.